Anche la collezione di minerali, rocce e fossili, originariamente molto ricca e varia (con esemplari campionati in tutto il mondo) è oggi assai ridotta.
Anche grazie a donazioni (A. Pannone e P. Di Lorenzo) testimonia alcune classi di minerali e le tre tipologie di rocce (sedimentarie, ignee intrusive ed effusive, metamorfiche).
Tra gli esemplari antichi sopravvissuti si segnalano lo zolfo (campionato ad Altavilla Irpina, nel 1897), la galena, la mangnetite e il quarzo.
Nello stesso armadio è esposto un raro modello in vetro e metallo di reticolo cristallino della Paravia (1920-1930) raffigurante una bipiramide triangolare.
